在神探狄仁杰3的故事中，凉州案黑衣社的剧情从第118集展开，狄仁杰在连破大案后，获准回老家休养，途中计划看望凉州刺史曾泰曾泰接到地震预警，组织防灾，但地震来临时，三千铁甲军神秘邪舞，500万两饷银消失，案件扑朔迷离狄公及时赶到，批评曾泰对黑衣社的忽视，进行精准推断侦查与反侦查的战斗。

邗沟覆船案，乃是铁手团纠集官府及绿林各道联手策划的巨大阴谋首先铁手团派出杀手虎云，在邗沟将运盐船队凿翻，并将船上之人全部拖入水中溺死而后出动水鬼将沉入水中的官盐盗捞起存紧接着派出大趸船将盐转运出境，而漕运使杨九成，则是为私盐转运提供一切便利，开据官凭路引，逃避巡河官的检查。

神探狄仁杰第三部深度解析主要包括以下内容主要案件凉州关饷被劫案狄仁杰揭露了宗教借蝙蝠传播瘟疫，干掉守卫，意图拿回凉州自治的反人阴谋，并成功追回关饷，全歼反贼扬州官盐翻船案扬州官盐在运河屡次翻船，狄仁杰临危受命前往调查，发现漕运衙门与黑社会铁手团勾结，通过凿船溺死官兵打捞食盐。

情感与权谋的交织剧中穿插了李元芳与狄如燕的爱情线狄仁杰与曾泰的师生情，以及武则天与狄仁杰的君臣互动这些情感戏码为硬核案件增添了温情色彩，使人物形象更立体例如，狄仁杰对武则天的忠诚与智慧博弈，既体现君臣信任，又暗含权力制衡的复杂性系列特色延续作为神探狄仁杰系列的第三部，本剧延续了。